Sejarah SMA Dwiwarna (Boarding School) tak lepas dari pengajian pimpinan Ibu Ratjih Natawidjaja dan anggota dalam membentuk Yayasan Pendidikan Islam Dwiwarna pada 3 April 1992.

Atas dasar 3 petimbangan, seperti menyediakan lembaga pendidikan Islam dengan kualitas baik, meningkatkan SDM bisa sejajar dengan negara maju, dan ikut andil dalam mencerdaskan kehidupan bangsa, para anggota berusaha mengumpulkan bantuan sedikit demi sedikit dari para donator dan pengusaha muslim untuk menyediakan pendidikan umum yang berwawasan kebangsaan serta bernapaskan Islam.

SMA Dwiwarna (Boarding School) resmi didirikan pada tahun 1998. Semua kegiatan seperti merekrut siswa baru dilakukan dengan menyebarkan brosur, leaflet, pengumuman melalui sekolah, hingga media massa. Pada 20 Juli 1998 SMA Dwiwarna (Boarding School) menerima 81 siswa dari sekitar 125 siswa yang lolos seleksi administrasi dimana pada tahap awal semua siswa mendapatkan beasiswa dari yayasan. Dari situlah kegiatan SMA Dwiwarna (Boarding School) dimulai dengan sistem pendidikan terpadu sebagaimana yang direncanakan sejak awal berdirinya yayasan.