Sebagai sekolah yang menjunjung tinggi nilai-nilai keislaman, SMA Dwiwarna (Boarding School) memiliki fasilitas ibadah representatif bernama Masjid Hikmatul Ilmi yang mampu menampung hingga 500 jamaah.
Masjid ini dilengkapi dengan sarana wudhu serta toilet putra dan putri yang memadai untuk menunjang kenyamanan beribadah. Selain digunakan untuk shalat berjamaah, teras dan selasar masjid juga dimanfaatkan sebagai ruang kegiatan keagamaan dan berbagai aktivitas pembinaan yang bersifat multi purpose.
